Tháng 12 năm 2000, Rice từ nhiệm khỏi Stanford để đảm nhiệm chức vụ Cố vấn An ninh Quốc gia. Bà là phụ nữ đầu tiên được bổ nhiệm vào vị trí này. Rice được đặt cho biệt danh "Công chúa Chiến binh" do bà sở hữu hệ thần kinh thép bên trong phong cách dịu dàng.[22]

Rice ở trong số những người ủng hộ Chiến tranh Iraq mạnh mẽ nhất.

Tháng 3 năm 2004, Rice từ chối ra làm chứng trước ủy ban 9/11. Toà Bạch ốc viện dẫn đặc quyền hành pháp trong nội dung của nguyên tắc tam quyền phân lập để bác bỏ các yêu cầu đòi Rice ra làm chứng. Về sau, Bush đồng ý để Rice ra làm chứng,[23] miễn là điều này không được xem như là một tiền lệ buộc nhân viên của tổng thống phải ra làm chứng trước quốc hội khi được yêu cầu. Cuối cùng, việc Rice ra làm chứng trước uỷ ban 9/11 là giải pháp ổn thoả vì bà không thật sự ra trước quốc hội. Rice là Cố vấn an ninh quốc gia đương nhiệm đầu tiên phải ra làm chứng về các vấn đề chính sách.

Tiến tới cuộc bầu cử tổng thống năm 2004, Rice là cố vấn an ninh quốc gia đầu tiên vận động cho một tổng thống đương chức. Dùng cơ hội này để bày tỏ quan điểm của mình, Rice cho rằng chính quyền Saddam góp phần tạo điều kiện cho các cuộc tấn công khủng bố như vụ 9/11.